Bouwstijl: Romano-gotiek
Datering: ca. 1100
Restauratie: De restauratie van de kerk is in 2003 voltooid en werd met een officiële opening op donderdag 23 oktober 2003 weer in gebruik genomen.

Ligging
De Sint Margaretakerk is gebouwd bovenop een terp en is omgeven door een kerkhof.

Exterieur
De kerk is grotendeels van tufsteen en werd in 1300 vergroot met baksteen. In de noordmuur bevindt zich een dichtgemetselde korfbogige ingang uit ongeveer 1500 met een omlijsting van profielsteen. De toren is van jongere datum, namelijk van 1843,toen deze hersteld werd na een instorting.

Interieur
De kerk bezit een zeer gave protestantse inrichting, waaronder een herenbank uit 1661 met bekroning en een wapen van Bouricius en Glinstra. Er is ook een gedenkbord uit 1686 met een opschrift over de slag bij Boksum in 1586 tijdens de Spaanse overheersing.

Orgel
De oudste onderdelen dateren uit 1661. De firma van Dam heeft het orgel vernieuwd, waarbij de oude kas uit 1675 van Jan Harmens uit Berlikum bewaard is gebleven.

Gave sarcofaag
Het kerkhof van Boksum is aan beide kanten omzoomd door leilinden. De toren is herbouwd nadat hij in 1842 in elkaar stortte. Tijdens de restauratie kwamen enkele aardige gegevens aan het licht. De grootste vondst, een zandstenen sarcofaag (zandstenen lijkkist) die op het kerkhof is ontdekt, is in de vloer van de voorkerk ingebouwd. Met enige moeite zijn de ingebeitelde motieven aan de binnenkant van de kist te zien: kruizen, kromstaven en een ankerkruis. Tegen de muur hangt een rechthoekig stuk zandsteen, waarschijnlijk een oude altaarsteen.

Huidig gebruik
In de kerk vinden concerten plaats. In de herfstvakantie is in de kerk altijd een expositie te zien over de geschiedenis van Boksum.

De Margaretakerk is in de 12de eeuw van tufsteen gebouwd op de hoge en aan de noordwestzijde scherp afgegraven terp van Boksum. In de vroege 14de eeuw is de kerk uitgebreid en in de 15de en 16de eeuw heeft het gebouw ook nog veranderingen ondergaan. De toren is na instorting in 1843 met het oude materiaal opnieuw opgetrokken en is in 1879 tot de huidige gedaante omklampt en van een ingesnoerde spits voorzien. De oude vorm van de tufstenen kerk is aan de noordzijde te zien, waar het muurwerk een boeiend historisch tapijt is gaan vormen. Daar zit een dichtgemetselde ingang in fraaie gotische vormen. De zuidmuur en het koor hebben gotische vormen met al dan niet dichtgezette spitsboogvensters en steunberen.

Het interieur wordt gedekt door een houten tongewelf van omstreeks 1500. De preekstoel met klankbord heeft traditionele vormen met gekorniste panelen op de kuip. Tegen de noordwand staat een overhuifde herenbank van de familie Glinstra–Bouricius met een bekroning van een aedicula waaruit de wapens zijn verwijderd. Tegen de koorsluiting staat een overhuifde bank in neoclassicistische vormen uit 1826. Daarbij hangt een memoriebord van de slag bij Boksum (1586). In de vloer liggen grafzerken waarvan die voor het echtpaar Worp van Juckema en Anna van Mockema (overleden resp. 1560 en 1585) zeer bijzonder is. Hij werd in 1561 gehouwen door Pieter Dircks en vertoont aan weerszijden van de nis met wapens de personificaties van Memoria en Gloria die wulps haar tuniek optilt. In een nis aan de bovenzijde zien we een levendig portret van astronoom Ptolemeus die de aardbol ophoudt en in de zwikken zijn putti met aan de ene zijde meet- en muziekinstrumenten en aan de andere zijde gereedschap te zien.

Het orgel met rugpositief, dat net als in Blessum op een podium staat met blauw geschilderde draperieën onder het gewelf, is oorspronkelijk in 1675 gebouwd door Jan Harmens. Het instrument heeft allerlei wijzigingen ondergaan. De kerk is eigendom van de Stichting Alde Fryske Tsjerken.

Boksum, Hegedyk 8: tolhuis

Tegen het talud van de oude Middelzeedijk, waarop in 1825 een kunstweg werd aangelegd, is tegelijkertijd een tolhuis gebouwd. Het pand is opgetrokken in gele baksteen en heeft grote ramen aan de straatzijde. Die boden ruim zicht op het naderend verkeer, dat bij het tolhek de verschuldigde tol moest afdragen.