Bouwstijl: Romano-gotiek
Datering: ca. 1100
Restauratie: De restauratie van de kerk is in 2003 voltooid en werd met een officiële opening op donderdag 23 oktober 2003 weer in gebruik genomen.
Ligging
De Sint Margaretakerk is gebouwd bovenop een terp en is omgeven door een kerkhof.
Exterieur
De kerk is grotendeels van tufsteen en werd in 1300 vergroot met baksteen. In de noordmuur bevindt zich een dichtgemetselde korfbogige ingang uit ongeveer 1500 met een omlijsting van profielsteen. De toren is van jongere datum, namelijk van 1843,toen deze hersteld werd na een instorting.
Interieur
De kerk bezit een zeer gave protestantse inrichting, waaronder een herenbank uit 1661 met bekroning en een wapen van Bouricius en Glinstra. Er is ook een gedenkbord uit 1686 met een opschrift over de slag bij Boksum in 1586 tijdens de Spaanse overheersing.
Orgel
De oudste onderdelen dateren uit 1661. De firma van Dam heeft het orgel vernieuwd, waarbij de oude kas uit 1675 van Jan Harmens uit Berlikum bewaard is gebleven.
Gave sarcofaag
Het kerkhof van Boksum is aan beide kanten omzoomd door leilinden. De toren is herbouwd nadat hij in 1842 in elkaar stortte. Tijdens de restauratie kwamen enkele aardige gegevens aan het licht. De grootste vondst, een zandstenen sarcofaag (zandstenen lijkkist) die op het kerkhof is ontdekt, is in de vloer van de voorkerk ingebouwd. Met enige moeite zijn de ingebeitelde motieven aan de binnenkant van de kist te zien: kruizen, kromstaven en een ankerkruis. Tegen de muur hangt een rechthoekig stuk zandsteen, waarschijnlijk een oude altaarsteen.
Huidig gebruik
In de kerk vinden concerten plaats. In de herfstvakantie is in de kerk altijd een expositie te zien over de geschiedenis van Boksum.